目的:探讨婴儿百日咳混合感染发生率是否明显高于非百日咳呼吸道感染婴儿，及其混合感染病原分布状况，供临床诊疗参考。方法:采用病例对照研究。纳入2018年8月至2021年1月北京儿童医院、嘉兴市妇幼保健院和芜湖市第一人民医院临床申请百日咳病原学检测(百日咳鲍特菌培养和特异核酸检测)的婴儿鼻咽拭子共118例，根据百日咳病原学检测结果分为百日咳组(65例)和非百日咳组(53例)，2组病例中有33对病例按月龄、发病季节、地市进行匹配，标本均应用可检测21种呼吸道感染病原体的FilmArray RP2技术评估其他病原感染状况，比较两组混合感染率差异。组间率的比较采用 χ2检验。 结果:百日咳组婴儿FilmArray RP2多种病原检测阳性率为56.9%(37/65)，明显高于非百日咳组的15.1%(8/53)，差异有统计学意义( χ2＝21.651， P<0.001)。百日咳组混合感染前5位混合感染病原为人鼻病毒/肠道病毒(38.5%，25/65)、副流感病毒(18.5%，12/65)、呼吸道合胞病毒(10.8%，7/65)、冠状病毒(10.8%，7/65)、腺病毒(7.7%，5/65)。百日咳组在春、夏、秋、冬季混合感染检出率分别为46.2%(6/13)、58.3%(14/24)、55.6%(5/9)、63.2%(12/19)。配对病例和非配对病例中两组比较，与上述结果相似。 结论:临床疑诊婴儿百日咳送检标本中，确诊百日咳者混合感染发生率明显高于非百日咳婴儿。混合感染病原以人鼻病毒/肠道病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、腺病毒等为主。百日咳混合感染四季均常见，以冬季为著。